Rządowym Centrum Legislacji kieruje Prezes przy pomocy wiceprezesów.
Szczegółowy zakres zadań i tryb pracy poszczególnych komórek organizacyjnych określa Regulamin Organizacyjny RCL, według którego w skład Rządowego Centrum Legislacji wchodzą:
- Departament Prawa Gospodarczego,
- Departament Prawa Konstytucyjnego i Administracyjnego,
- Departament Prawa Rolnego i Środowiska,
- Departament Prawa Społecznego i Infrastruktury,
- Departament Prawa Ustrojowego i Edukacji,
- Departament Dziennika Ustaw i Tekstów Jednolitych,
- Biuro Administracyjno-Finansowe
oraz samodzielne stanowiska pracy podległe bezpośrednio Prezesowi RCL:
- Samodzielne Stanowisko do Spraw Audytu Wewnętrznego.