Rządowym Centrum Legislacji kieruje Prezes przy pomocy wiceprezesa.
Szczegółowy zakres zadań i tryb pracy poszczególnych komórek organizacyjnych określa Regulamin Organizacyjny RCL, według którego w skład Rządowego Centrum Legislacji wchodzą:
- Departament Prawa Gospodarczego,
- Departament Prawa Konstytucyjnego i Administracyjnego,
- Departament Prawa Państwowego,
- Departament Prawa Rolnego i Środowiska,
- Departament Prawa Społecznego i Infrastruktury,
- Departament Dziennika Ustaw i Tekstów Jednolitych,
- Biuro Prezesa,
- Biuro Finansowe
oraz samodzielne stanowisko pracy podległe bezpośrednio Prezesowi RCL: Samodzielne Stanowisko do Spraw Audytu Wewnętrznego.