Rządowym Centrum Legislacji kieruje Prezes przy pomocy wiceprezesów.
Szczegółowy zakres zadań i tryb pracy poszczególnych komórek organizacyjnych określa Regulamin Organizacyjny RCL, według którego w skład Rządowego Centrum Legislacji wchodzą:
- Departament Prawa Administracyjnego
- Departament Prawa Gospodarczego i Finansowego
- Departament Prawa Społecznego
- Departament Prawa Środowiska i Infrastruktury
- Departament Prawny i Kształcenia
- Departament Dzienników Urzędowych i Tekstów Jednolitych
- Departament Informatyzacji i Systemów Informacji o Prawie
- Biuro Dyrektora Generalnego